Расчет НДФЛ – вычеты

Добрый день!

Вопрос скорее организационный, т.к. поведение программы вроде понятно.

Вычеты для расчета НДФЛ учитываются нарастающим итогом с начала года (не в пределах месячного дохода). Картина следующая:
1. По июль – доход нарастающим итогом 317 тысяч
2. В августе дохода нет
3. В сентябре доход нарастающим итогом превышает 350 тысяч и вычет за сентябрь уже не предоставляется (но августовский очевидно, что считается).

Вопрос в чем: налоговая с сотрудника пытается удержать суммы лишнего, по ее мнению, вычета. Кто сталкивался с похожей ситуацией, возможно ли как-то защитить в такой ситуации сотрудника? Да и состояние расчета в ЗУП так же останется, как и прежде. Пересчитать в программе сейчас что-либо, понятно, не представляется возможным.