Отпускные в 6-НДФЛ

Добрый день! Помогите пожалуйста, разобраться в сложной для меня ситуации. Сотрудник уходит в отпуск в мае (с 10.05.17 по 12.05.17), заявление в кадры передают позже. Отпускные фактически начислены и выплачены 12 мая, 15 мая перечислен НДФЛ. Не могу понять почему налог удерживается дважды. А так же в он 2 раза попадает в регистр налогового учета по НДФЛ.

06.06.2017 12.05.2017 Отпуск 1 Отпуск 2