Бухучет операций, налогообложение организаций входящих в негласное товарищество

Я устроилась работать в строительную фирму, которая работает на УСН, в процессе знакомства с документами выяснилось что они входят в негласное товарищество и учет совместной деятельности возложен на эту строительную фирму и в результате возникает учет НДС в доли выручки в совместной деятельности…. У нас версия 8.3 программа не понимает двойного налогообложения, обратилась в фирму сопровождающую 1С, мне начали индивидуально дописывать программу…. и я умом понимаю, что программа все НДСные операции естественно будет подгружать во все формы отчетности…. а я то должна поделить налоговую нагрузку между УСН и совместной деятельностью (товарищества) в соответствии с выручкой….как это практически сделать пока не понимаю…..
Возник у меня и вопрос по первому кварталу у них выручка прошла только НДС-ная и они ее отнесли на совместную деятельность, а по УСН ничего не было…. верно ли это? Как на это отреагирует налоговая, лишилась ли организация УСН?
Есть ли у Вас по данному вопросу подборка информационная? Буду благодарна за помощь…