Расчет зп по обособленным подразделениям в ЗУП 3.1

Здравствуйте! Подскажите, пожалуйста, как правильно вести расчет зп в ЗУП 3.1, если есть обособленные подразделения, есть ли разница расчета зп по организации в целом или по подразделениям. (Сейчас расчет ведется по организации в целом и иногда при формировании 6-НДФЛ по 1у подразделению, попадают сотрудники из другого подразделения, хотя никаких кадровых перемещений не было). С чем это может быть связано? Спасибо.